Glossaire

Les termes d’enregistrement et de laboratoire utilisés sur les pages produits, les dossiers de lot et les certificats d’analyse GPC, définis simplement.

Numéro d’enregistrement CAS

Identifiant numérique unique attribué par le Chemical Abstracts Service à une substance chimique. Il identifie une molécule sans dépendre d’un nom commercial ou de fournisseur; c’est pourquoi chaque page produit GPC l’indique.

Formule moléculaire

Nombre d’atomes de chaque élément dans une molécule, écrit avec les symboles des éléments et leur nombre, par exemple C₆₂H₉₈N₁₆O₂₂. Deux molécules différentes peuvent partager une formule; on la lit donc avec le numéro CAS.

Masse moléculaire

Masse d’une mole de la molécule, exprimée en grammes par mole (g/mol) et calculée à partir de sa formule. Les résultats de spectrométrie de masse d’un certificat sont comparés à cette valeur.

Séquence d’acides aminés

Ordre des acides aminés d’une chaîne peptidique, écrit de l’extrémité N-terminale à l’extrémité C-terminale en codes à une lettre, par exemple GEPPPGKPADDAGLV. Les pages GPC omettent la séquence lorsque la chaîne porte des modifications qu’une simple chaîne de lettres ne peut représenter.

Résidu

Unité d’acide aminé dans une chaîne peptidique. Le nombre de résidus indiqué sur une page produit correspond au nombre d’unités de la chaîne.

Amide C-terminal

Chaîne dont le groupe carboxyle final est remplacé par un groupe amide. La formule et la masse en sont modifiées; c’est pourquoi la classe moléculaire l’indique.

Acétylation

Ajout d’un groupe acétyle, le plus souvent à l’extrémité N-terminale d’une chaîne. Un peptide acétylé a une formule et une masse différentes de la chaîne non modifiée.

Acylation

Fixation d’un groupe acyle, comme une chaîne latérale d’acide gras dicarboxylique, sur un résidu. Le groupe fixé fait partie de l’identité et de la masse de la molécule.

Peptide cyclique

Peptide dont la chaîne est refermée en anneau, par exemple par un pont lactame entre deux chaînes latérales ou par un pont disulfure entre deux cystéines.

Mélange

Flacon qui contient plus d’un composé. Un mélange n’a ni formule ni masse unique; sa page produit indique chaque composant avec son propre numéro d’enregistrement et sa quantité.

Lyophilisé

Séché par congélation : l’eau est retirée sous vide à basse température, ce qui laisse une poudre ou une pastille sèche dans le flacon scellé. Peptides lyophilisés : la lyophilisation et la poudre sèche

Remplissage nominal

Quantité imprimée sur l’étiquette, par exemple 10 mg par flacon. Il s’agit du remplissage déclaré, et non d’une mesure du flacon que vous avez en main. Ce que signifient les milligrammes d’une étiquette

Contenu net

Quantité de peptide mesurée dans le flacon analysé par un laboratoire, exprimée en milligrammes. Elle peut différer du remplissage nominal imprimé sur l’étiquette. Teneur nette en peptide, pureté et contre-ions · Contenu mesuré par rapport à l’étiquette, lot par lot

Contre-ion

Ion de charge opposée associé à chaque groupe chargé positivement d’un peptide sous sa forme saline solide : le plus souvent le trifluoroacétate laissé par la synthèse et la purification, ou l’acétate ou le chlorure après un échange. Les contre-ions s’ajoutent au poids de la poudre sans être du peptide; ils abaissent donc sa teneur nette en peptide. Comment les peptides synthétiques sont fabriqués

Pureté HPLC-UV

Valeur de pureté obtenue par chromatographie liquide haute performance avec détection ultraviolette : l’aire du pic principal en pourcentage de l’aire totale des pics détectés. Elle décrit l’échantillon analysé, selon cette méthode. Pourquoi la pureté n’est pas la teneur en peptide

Chromatogramme

Graphique derrière un résultat HPLC : le signal du détecteur en fonction du temps. Chaque pic correspond à un composant sorti de la colonne à son propre temps de rétention.

Temps de rétention

Temps, en minutes, auquel un composant sort de la colonne de chromatographie et apparaît sous forme de pic. Il dépend de la colonne et de la méthode; on le compare donc à l’intérieur d’un même rapport.

Identité LC-MS

Vérification d’identité par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse. Les masses mesurées du composant séparé sont comparées aux masses attendues pour la molécule déclarée.

m/z et états de charge

La spectrométrie de masse rapporte la masse divisée par la charge (m/z). Un peptide portant deux protons supplémentaires apparaît comme [M+2H]2+, à environ la moitié de sa masse plus un; plusieurs états de charge d’une même molécule apparaissent généralement ensemble.

Endotoxine bactérienne

Lipopolysaccharide de la membrane externe des bactéries Gram négatif. Les laboratoires la mesurent par un essai LAL et l’expriment en unités d’endotoxine par milligramme (UE/mg).

Analyse des métaux lourds

Mesure d’éléments traces comme le plomb, l’arsenic, le cadmium et le mercure, le plus souvent par ICP-MS, présentée par rapport à des limites déclarées.

Charge nette

Somme des charges positives et négatives d’un peptide à un pH donné, comptées à partir de ses extrémités libres et de ses chaînes latérales acides et basiques. Une charge nette positive désigne un peptide basique et une charge négative, un peptide acide; le décompte dépend du pH et des valeurs de pKa utilisées. Charge nette, point isoélectrique et pH

Point isoélectrique (pI)

pH auquel les charges positives et négatives d’un peptide s’équilibrent, de sorte que sa charge nette est nulle. C’est souvent le pH de plus faible solubilité; c’est pourquoi on choisit un premier solvant dont le pH s’en éloigne. Charge nette, point isoélectrique et pH

Co-solvant

Second solvant, comme le DMSO, le DMF ou l’acétonitrile, ajouté dans le plus petit volume qui dissout un peptide avant que la solution soit diluée dans l’eau ou un tampon. Il est entraîné dans chaque dilution; son pourcentage final doit donc convenir à la méthode. Le DMSO et le DMF ne s’éliminent pas par lyophilisation. Choisir un premier solvant

Solution mère

Solution préparée à une concentration plus élevée que celle dont une méthode a besoin, étiquetée avec sa concentration, son solvant et sa date. On en dilue de petites portions pour obtenir des solutions de travail, de sorte que très peu du premier solvant parvient à l’essai. Préparer une solution mère de laboratoire

Solution de travail

Solution diluée à partir d’une solution mère jusqu’à la concentration qu’un essai, un étalonnage ou une analyse utilise réellement. Plus diluée, elle perd une plus grande part de son peptide sur les parois des contenants et se conserve moins longtemps que la solution mère. Calculateur de concentration et de dilution

Concentration molaire

Quantité de matière par litre de solution, en mol/L, notée au laboratoire en mM (millimoles par litre) ou en µM (micromoles par litre). La conversion depuis des mg/mL exige une masse molaire exprimée sur la même base que la quantité : le peptide libre ou sa forme saline. Calculateur de concentration et de dilution

Facteur de dilution

Rapport entre le volume final et le volume de solution qu’on y transfère. Un facteur de dilution de 10, soit une partie de solution sur dix parties au total, divise la concentration par dix sans changer la quantité de peptide transférée. Certains domaines l’écrivent 1:10 et d’autres 1:9; un registre indique donc le facteur lui-même. Calculateur de concentration et de dilution

Aliquote

Portion mesurée d’une solution, en microlitres, placée dans son propre tube afin d’être décongelée une seule fois pour un essai ou une analyse, pendant que le reste demeure congelé. Une solution mère est répartie en aliquotes en une seule séance afin de limiter les congélations et décongélations. Conserver les solutions de peptides

Adsorption (pertes sur les surfaces)

Fixation du peptide sur les surfaces que touche une solution : parois des tubes et des flacons, pointes de pipette, filtres et flacons d’échantillonneur automatique. Une surface ne retient qu’une quantité limitée; la part perdue est donc plus grande dans une solution diluée. Les tubes à faible adsorption et un plus petit nombre de transferts la limitent. Conserver les solutions de peptides

Congélation-décongélation

Une congélation suivie d’une décongélation d’une solution. En se formant, la glace concentre le peptide et les sels présents et peut déplacer le pH; l’oxydation de la cystéine, de la méthionine et du tryptophane serait aussi accélérée au cours des cycles de congélation-décongélation. Les laboratoires répartissent donc une solution mère en aliquotes et décongèlent chacune une seule fois. Conserver les solutions de peptides

Certificat d’analyse (COA)

Rapport de laboratoire sur un échantillon d’un lot de production, au moment de l’analyse. Il indique le laboratoire, la méthode, la date et les résultats. Faire analyser un flacon au Canada

Lot et code de lot

Un lot est un lot de production. Le code de lot GPC imprimé à côté du code QR de chaque flacon relie ce flacon à son dossier de lot et aux résultats publiés. Rechercher un lot

Usage réservé à la recherche (RUO)

Mention indiquant que le matériel est fourni uniquement pour la recherche légale en laboratoire, selon les conditions de la Politique d’utilisation pour la recherche.